Liito-oravan suojelemiseksi tehdyt hakkuurajoitukset eivät aina riitä turvaamaan lajin elinolosuhteita, selviää Suomen ympäristökeskuksen tekemästä tutkimuksesta.

Tutkimuksen mukaan myös säästetyn alueen lähellä tehdyt avohakkuut lisäsivät lajin häviämisen riskiä. Ympäristökeskuksen mukaan suojelukeinoja tulisikin kehittää paremmiksi.

Liito-oravan pesäpaikkojen hävittäminen on kielletty lailla. Vuodesta 2004 asti Suomen Metsäkeskuksen on pitänyt ilmoitettaa ELY-keskuksille liito-oravametsiin kohdistuvista hakkuusuunnitelmista. ELY-keskus taas määrittää alueella sallitun metsänkäsittelyn ja liito-oravan lisääntymis- ja levähdypaikan sijainnin.

Suomen ympäristökesksen arvion mukaan vain 20 prosenttia liito-oravien elinpaikoista on viranomaisten tiedossa. ELY-keskukset ovat tehneet mahdollisia liito-oravan esiintymispaikkoja koskevia päätöksiä vuoden 2004 jälkeen lähes pari tuhatta, mutta vain noin puolessa päätöksistä on määritetty hakkuiden ulkopuolelle jätettävä pesäpaikka. 

Liito-oravan uhanalaisuuteen on vaikuttanut metsätalous, erityisesti vanhojen haapojen väheneminen. Kolopuiden väheneminen on heikentänut liito-oravakantaa Suomessa 1900-luvun puolivälistä lähtien.